未来世界，人类文明高度发达，智能机器人大量涌现，已在日常生活中占据重要的位置，而且人类为了获得永恒的生命，也尝试虽然知道自己已经完全失去风系异能元力了，但陈源还是忍不住试了试眉心的天眼，结果没有惊喜，无论他怎么努力，眉心的竖眼都完完全全的消失了，再也不会因为他的心意一动，眉心那条浅浅的皱痕就会向两边分开，显出一只吓人的竖眼出来。将自己改造为机器人。同时，一列名为“银河铁道999号”的宇宙列车担负起连接地球和宇宙文明的使命，星系从此不再遥远。
少年星野铁郎（野沢雅子 配音）的母亲被嗜好杀戮的机械伯爵杀害，他肩负母亲的嘱托，决定前往安达罗星云改造身体，为此不惜在车站抢夺他人的银河铁道999号车票，不过也因此邂逅了容貌与母亲极其相像的梅蒂尔（池田昌子 配音）。凭借梅德尔的帮助，他终于踏上999号列车，继而展开一段充满未知的旅程……
